《办法》规定，考核对象为列入年度省减排单列考核名单的重点县（市、区）政府，考核指标为国家实行排放总量控制的主要污染物指标年度减排目标完成情况，“1025”期间为化学需氧量、氨氮、2氧化硫和氮氧化物。
《办法》明确，出现主要污染物总量减排目标有1项及以上未完成的、国家和省减排目标责任书项目未按要求落实的、减排监测体系建设运行未到达年度考核目标等情形的，即认定为未通过年度考核。
《办法》同时强调，对减排考核未通过者将采取以下措施：约谈相干负责人；全省通报；对区域内新增相应主要污染物建设项目实行环保限批；对所涉企业团体新增相应主要污染物建设项目实行环保限批，并落实相应的经济束缚政策。
福建省环保厅相干责任人明确表示，未通过考核的县（市、区），应在1个月内向设区市政府做出书面报告，提出整改落实方案，针对存在的问题，明确整改措施和时间节点，并抄送省减排办和所在设区市减排办。对未能按时间节点和要求完成整改任务的，根据调度情况，视情况暂停安排各项环保专项补助资金，暂停环保模范城、生态县（市、区）推荐、考核、命名等。
